1906 m. Vilniuje atidarytas Šlapelių knygynas jau tada vadintas lietuviškos kultūros sala lenkiškame Vilniuje, toks jis išliko per visas istorines negandas. Knygynas gyvavo 43 metus. Veiklioji Marija Šlapelienė su savo vyru Jurgiu, gydytoju ir uoliu lietuvybės puoselėtoju, buvo užmezgę ryšius su visais lietuviškų knygų leidėjais, turėjo visus Lietuvių mokslo draugijos išleistus veikalus, priimdavo subankrutavusių knygynų leidinius, tiems, kas negalėjo lietuviškų knygų nusipirkti, jas skolindavo už centus, patys leido mokslinę ir meninę kūrybą.
Knygyne dažnai vykdavo susitikimai žmonių, kurie paskui tapo mūsų kalbos ir valstybės tėvais, tačiau su Šlapeliais buvo susiję ir glaudžiais asmeniniais ryšiais. Tai J. Basanavičius, kuris buvo Šlapelių pirmagimės dukters Gražutės krikštatėvis, J. Jablonskis, kuris Mintaujos gimnazijoje dėstydamas graikų ir lotynų kalbas ten besimokančiam Jurgiui Šlapeliui buvo suteikęs pastogę, jį lavino ir ugdė, savo namuose supažindino su V. Kudirka, J. Tumu-Vaižgantu ir kt. to meto šviesuoliais, iš Kauno atvykdavo Kipras Petrauskas, kitos dukters – Laimutės krikšto tėvas.
Knygyną caro valdžia akylai sekė, tikrino gaunamas knygas. 1914 m. atėjo šaukimas į teismą dėl antivalstybinio turinio knygų platinimo. Galima bausmė – turto konfiskacija, Sibiras, katorga, bet ne veltui sakoma, kad Viešpaties keliai nežinomi: paskirtą tardymo dieną paskelbiamas Pirmasis pasaulinis karas ir teismas neįvyksta.
Kaip atsargos gydytojas, J. Šlapelis mobilizuojamas, išvyksta į Rusiją, iš ten sirgdamas grįš tik 1918 m. Marija Šlapelienė lieka viena su trimis vaikais, iš kurių greitai telieka dvi dukterys, nes sūnus Jurgiukas 1915 m. miršta tebūdamas vienerių metukų.
Vilnių okupavus vokiečiams knygynas apdedamas nepakeliamais mokesčiais, leidiniai cenzūruojami, vyksta kratos, Marija trumpam patenka į Lukiškių kalėjimą, nes kartu su jos knygyne pirktais kalendoriais dvi sulaikytos moterys platino atsišaukimus prieš vokiečių valdžią.
1918-1920 Vilnius net 8 kartus eina iš rankų į rankas. Lenkams užėmus Vilnių jį Lenkija valdo iki 1939 m. Šlapelių knygyno leidiniai nuolatos tikrinami, skubiai konfiskuojami tie, kur randama kaip nors paminėtas „okupuotas Vilnius“.
1926 m. Šlapeliai Pilies g. už santaupas nusiperka dviejų aukštų namą, pirmą aukštą nuomoja krautuvėlėms, antrajame gyvena patys. Tai labai senas namas, stovėjęs ant lietuviškos ir lenkiškos miesto dalių sankirtos, vienas pirmųjų mūrinių namų, atstatytų XVII a. po rusų kazokų sukeltų gaisrų. Šlapelių dukros mokosi S. Batoro universitete, jauniausias sūnus Skaistutis – Vyt. Didžiojo gimnazijoje, kur mokytojauja ir jo tėvas Jurgis, bet nuo 1932 m. dėl sveikatos problemų tarnybą jam tenka palikti, o žmonos pečius vėl užgriūva visi šeimos ir knygyno rūpesčiai.
1938 m. įvyksta didžiulė krata, knygynas krečiamas visą mėnesį, lenkai savo akimis negali patikėti radę tiek paslėptos lietuviškos spaudos. Apie tai rašo visi lenkų laikraščiai. Konfiskuotos knygos išvežamos keliais sunkvežimiais. Tai dideli praradimai ir sunkūs išgyvenimai knygyno šeimininkams, tačiau ant slenksčio stovi… Antrasis pasaulinis karas, Vilnius atitenka Lietuvai.
1941 m. miršta Jurgis Šlapelis. Po karo visi vaikai pasitraukia į Vakarus, apie juos motina nieko nežino iki 1964 m. Sugrįžę sovietai nacionalizuoja butą Pilies g. 40., Marijai palieka du kambarėlius, kitose patalpose apgyvendinami svetimi žmonės, Mariją ir pas ją ateinančius žmones seka į butą įkeltas saugumietis.
Knygynas, gyvavęs 43 metus, 1949 m. liepos mėn. uždaromas. Dalis knygų atsidūrė universiteto Lituanistikos skyriuje, jas paslėpti padėjo būsimasis akademikas Z. Zinkevičius, kita dalis buvo sukrauta pastogėje ir laukė geresnių laikų. Vėliau pasirodė, kad ant tų knygų ne kartą miegojo nuo sovietinių persekiojimų besislapstantys žmonės.
Marija Šlapelienė daugiau kaip 10 m. nieko nežinojo apie savo emigravusius vaikus. 1964 m. jie visi susitiko Čikagoje ir per jos brolį, savo dėdę, kuris gyveno Varšuvoje, perdavė žinutę, kurioje, pasivadinę trim paukštukais, rašė taip: „sutūpę ant šakutės perduoda „ciotkai“ linkėjimus“. Tais pačiais metais mamą aplankė dukterys, bet brolis jau buvo miręs. Šlapelienė niekaip nesutiko vykti pas dukras į Vakarus, sakė, kad „tik grabe mane iš Lietuvos išvešite…“
1970 m. Marija parašo testamentą, kuriame pageidauja, kad jos namuose, Pilies g. 40, būtų įkurtas muziejus, o miršta sulaukusi 97 – erių metų. 1996 m. dukra Gražutė savo tėvų namus dovanoja Vilniaus miestui. 10 000 išsaugotų knygų atiteko Knygų rūmams, reti spaudiniai – muziejams ir archyvams.
1996 m. atidarytas muziejus lankytojus kviečia susipažinti su senuoju Vilniumi, aplankyti XV a. namo rūsius, meno galeriją, knygyno ekspoziciją. 2013 m. buvo atgaivinta arbatvakarių tradicija, leidžianti pajausti anų laikų kultūros ir meno dvasią. Pastaraisiais metais vykstant Kultūros nakčiai Šlapelių muziejus pakvipdavo rožėmis, kurias parūpindavo Lietuvos rožininkų draugija, liedavosi muzika, skambėdavo sutartinės.
P.S. Norintiems šiais sunkiais pandeminiais laikais aplankyti Šlapelių muziejų yra sukurta virtuali ekskursija.